Mikrobiota jelitowa, bardziej zróżnicowana u dzieci niż u osób starszych, osiąga w wieku dojrzałym liczebność około 1000 gatunków dobroczynnych bakterii i ponad 1×1011 komórek bakterii. Tworzy aktywny kompleks metaboliczny enzymów zdolnych do trawienia np. błonników roślinnych, odpowiada za syntezę krótkołańcuchowych kwasów tłuszczowych czy wchłanianie wapnia. Mikrobiota to warunek prawidłowego metabolizmu kwasów żółciowych, bilirubiny i cholesterolu. Z badań ostatnich lat wynika, że skład i funkcjonowanie mikrobioty jelit zależy od wielu czynników np.: od rodzaju porodu, odżywiania, wieku, stopnia ekspozycji na szkodliwe czynniki otaczającego nas środowiska, stylu pracy i życia czy nadmiernej higienizacji środowiska.